Contenido

• Visión general del software
• Tipos de archivos compatibles
• Extensión de archivo principal
• Otras extensiones de archivo utilizadas por Integrated Genome Browser 9

Versión (a partir del 29/06/2016)	9
Plataformas
Licencia	Fuente abierta
Categoría	Científico

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Visión general del software

Principales características

• Soporta varios formatos de genoma como GenBank y FASTA
• Interactúa con datos con zoom y panorámicas.
• Accede y carga genomas desde sitios de carga rápida.
• Transformar datos en varias formas gráficas.
• Compartir datos con colaboradores a través de Dropbox.
• Instalar complementos para funcionalidad adicional

Integrated Genome Browser (IGB) es un programa de código abierto que se utiliza para ver y explorar grandes conjuntos de datos genómicos. Puede ver varios formatos de datos, interactuar con sus datos, crear gráficos, guardar su información como imágenes y compartir sus datos con los colaboradores.

IGB le permite ver datos de anotaciones y secuencias alineadas. El programa admite una variedad de formatos como FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband y GenBank. Puede tomar datos y transformarlos en una variedad de formas gráficas, incluidas las gráficas de desajuste para resaltar las diferencias de datos y las gráficas de profundidad para mostrar la cobertura. También puede interactuar con sus datos a través de las animaciones de zoom y paneo de IGB.

IGB le permite acceder y cargar genomas desde sitios de QuickLoad, que son sistemas simples de directorios, secuencias y otros archivos de datos para fines de visualización. IGB proporciona funcionalidad avanzada con soporte de complemento para agregar funcionalidad y automatización de flujo de trabajo mediante el uso de scripts. IGB también le brinda funciones avanzadas para compartir sus datos, ya sea publicándola como imagen JPEG, PNG o SVG de alta calidad o almacenando datos en Dropbox para que sus colaboradores puedan acceder a su proyecto.

IGB es utilizado principalmente por investigadores universitarios, biólogos y bioinformáticos. Proporciona herramientas avanzadas para abrir una variedad de formatos de datos de genoma, visualizar datos como gráficos diferentes y compartir datos con colaboradores. Desafortunadamente, el programa se basa en subvenciones para el desarrollo continuo, lo que significa que el soporte para la aplicación podría cesar en cualquier momento. Sin embargo, Integrated Genome Browser sigue siendo un programa capaz y personalizable para los usuarios que buscan explorar y analizar sus datos genómicos.

Tipos de archivos compatibles

Extensión de archivo principal

.XML - Archivo XML

Otras extensiones de archivo utilizadas por Integrated Genome Browser 9

Tipos de archivos compatibles
.CAMA	Archivo de pista de anotación de UCSC BED
.DAS	Sesión de análisis de DeltaMaster
.FA	Archivo de secuencia formateado FASTA
.FAS	FASTA archivo de secuencia
.FASTA	FASTA archivo de secuencia
.GB	Archivo de datos de GenBank
.SGR	Archivo de datos del genoma de SGR
.USEQ	Archivo de datos del genoma de USeq